中文科
本科秉承我校傳統，透過不同的學習活動，例如朗誦、演講、常識問答比賽、誦讀經典古文等，致力弘揚儒學，表彰中華文化，讓學生從小了解傳統文化價值，感受聖賢氣象，加強對儒學及中 華文化的認識。此外，本科著重培養學生「讀、寫、聽、說」四大學習範疇，提升學生語文應用、審美、探究、創新、自學等各方面能力，全面提高學生的語文素養，並滲透中國文化知識、品 德情意、高階思維訓練等學習元素，促進學生的全人發展。
英文科
作為香港這個國際大都會的一間儒家中學，孔聖堂中學近年引進英文成為其中一種主要的教學語言，希望透過教授這種國際通用語言及溝通技巧，幫助學生跨越傳統中國文化與現在社會之間的隔閡，藉此幫助學生在這個瞬息萬變的社會發展其獨特的生命旅程及與其他人維持良好的關係。本科提供多元化的學習機會予學生。雖然學生的英語能力及背景不盡相同，但我們五位教師都盡己所能地幫助學生：或幫助他們打好英語基礎，或提升他們語文運用的流暢度，預備他們將來接受高等教育或投身社會。除此之外，本系亦聘請了外...
數學科
運用數字、符號及其他數學元素能力；建立數字感、空間感、度量感及鑑辨規律的能力；透過學習數學來提高構思、探究、邏輯推理及傳意的能力，以及建立利用數學來解決日常生活問題的能力；能以數學角度將日常生活中的事物作構想，以及建立利用數學知識來解決日常生活問題的能力；對學習數學採取正面的態度，以及能從美學的角度欣賞數學。
通識教育科
活化通識，靈活學習本校通識教育課程著重生活化，結合公民及德育、生命教育、正向心理學元素，透過多樣化的學習活動，啟導學生從中發掘問題，建構知識。 課堂著重趣味，老師善用「合作學習」、「成功教育」教學策略，遵循「低起點，嚴要求；小步子，快節奏；多活動，求變化；快回饋，勤矯正」的原則， 因應學生的學習能力、興趣和需要從而進行多維思考訓練，有效指導學生極速掌握學習通識的竅門，加强學生應試的信心，為學生不斷創造成功的機會。
